Dans Forgotten Pathways, l'histoire commence avec le MC se réveillant dans la maison du genre Nina, qui l'a découvert inconscient dans la rue. Aux difficultés avec une amnésie complète, il ne se souvient même pas de son nom. Alors qu'il se lance dans une quête pour retrouver ses souvenirs, il découvre les particularités et les énigmes dans le monde qui l'entoure. Quels secrets se trouvent sous la surface de ce monde? Qu'est-ce qui a poussé le personnage principal à effacer sa mémoire? Au milieu de la quête de la vérité, à qui peut-il faire confiance? Tout en s'efforçant de démêler ces mystères, le personnage principal doit s'acclimater à une société où tout ne semble pas familier.